Para baixar um arquivo do seu repositório, você pode usar a API para usuário ou migrações da organização. Para obter mais informações, consulte "Migrações".
Assim que tiver baixado seu arquivo, você poderácopiá-lo em um disco rígido externo e/ou fazer upload dele em um serviço de backup baseado na nuvem, como o Google Drive ou Dropbox.
Ferramentas de backup de terceiros
Existem várias ferramentas de autoatendimento que automatizam backups de repositórios. Ao contrário de projetos arquivados, que arquivam todos os repositórios públicos em GitHub que não tenham optado por não participar e tornam os dados acessíveis para todos, as ferramentas de backup irão fazer o download dos dados de repositórios específicos e organizá-los em um novo branch ou diretório. Para obter mais informações sobre projetos de arquivamento, consulte "Sobre arquivamento de conteúdo e dados no GitHub".
Você pode fazer backup de todos os dados Git de um repositório (como arquivos e histórico de commits do projeto), bem como de dados do GitHub (como problemas e pull requests), com o BackHub, que cria backups recorrentes diariamente dos seus repositórios com instantâneos de até 30 dias atrás. O BackHub está disponível no GitHub Marketplace.